Thursday, November 27, 2014

FLASH KESETIMBANGAN KIMIA

TUTORIAL SOFTWARE AVOGADRO

"Cara Menggunakan Aplikasi Avogadro"

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.
Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.



Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki


Hasilnya :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.

Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.


Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.


Hasilnya adalah:

Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types



Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”



Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:



Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
  • Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
  • Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
  • Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
  • Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
  • Embedded interpreter Python.
  • Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
  • Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
  • Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
  • Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
  • Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
  • Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Software ini adalah hasil proyek komunitas dengan banyak kontributor, makanya disebut open source, siapapun boleh memberikan umpan balik, melaporkan bug dan kode agar menjadi lebih baik.
Karena ukurannya yang sangat kecil dan tidak terlalu memerlukan hardware dengan spek yang tinggi dan mahal maka sangat cocok digunakan saat pelajaran kimia pada materi-materi tertentu, dapat digunakan secara langsung di kelas. Tentu kita harus memahami berbagai seluk-beluknya. Ini adalah alternatif pembelajaran yang mengajak siswa mengamati secara langsung proses dan sifat kimia suatu zat.

TUTORIAL SOFTWARE CHEMTOOL

Cara Menggunakan Aplikasi Chemtool

Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah. Nah sekarang ayo kita belajar cara menggunakan aplikasi chemtool. Pertama ketika Anda membuka aplikasi chemtool maka muncul tampilan seperti di bawah ini:


Untuk memulainya klik menu tools-tempaltes maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. Tampilan templates-carboncycles.pilih struktur yang Anda kehendaki
.


Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan


Untuk templates heterocycles maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.



Untuk templates amino acids maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Description: e

Untuk templates symbols maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang Anda inginkan.

Description: f
Cara memilihnya mudah sekali, misal saya menginginkan struktur glukosa, maka hanya mengeklik strultur glucose yang ada di tempaltes sugars dan hasilnya adalah:

Description: glukose

Selain struktur yang sudah disediakan tadi. Anda juga bisa mengambar sendiri strukur yang Anda kehendaki. Semisal ingin membuat sikloheksana, maka caranya adalah klik


Description: l
Kemudian untuk memberi namanya adalah klik


Description: m

TUTORIAL SOFTWARE GDIS (Graphical Display Interface for Structures)

Cara Menggunakan GDIS (Graphical Display Interface for Structures)

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:
  • Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
  • Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
  • Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
  • Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
  • Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
  • Pola difraksi generasi dan merencanakan.
  • Animasi multi-frame file.
  • Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).
Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.
Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :
Klik pada ikon new model untuk membuat model baru


Pada kolom model pilih model : editing


Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.


Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…


Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda.

Menggunakan Tool Measurements
Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikonmeasurements.
Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka padalabel list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.
Tool Animation
Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation 
Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.
Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  
Sekian penjelasan saya mengenai aplikasi GDIS ini, semoga bermanfaat  J
sumber:
https://dwianitasari4ict.wordpress.com/2012/12/28/gdis-graphical-display-interface-for-structures/  :)

TUTORIAL SOFTWARE GAMGI

Cara Menggunakan Aplikasi Gamgi



GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom. GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll Ini bertujuan untukmenjadi berguna untuk: masyarakat ilmiah bekerja di Pemodelan atomistik yang membutuhkan grafis antarmuka untuk membangun input data dan untuk melihat dan menganalisis data output, dihitung dengan Ab initio-dan Molekuler Mekanika program, komunitas ilmiah di bidang kimia belajar yang besar, fisika, ilmu material, geologi, dll, yang membutuhkan antarmuka grafis untuk melihat dan menganalisis atom struktur informasi dan untuk mempersiapkan gambar untuk presentasi di kelas dan seminar, mengajar kimia dan fisika di sekolah menengah dan perguruan tinggi, ilmu promosi di sekolah-sekolah, pameran dan museum ilmu pengetahuan.
Cara menggunakan GAMGI adalah sebagai berikut.
Buka aplikasi menu gamgi  maka akan terlihat tampilan di bawah  ini:



Jangan khawatir tidak bisa menggunakan apliksai Gamgi, karena di dalam aplikasi ada menu tutorialnya. Untuk memunculkan menu tutorial adalah Klik Help-Tutorial, maka akan muncul



Nah saya mencoba untuk membuat bentuk kristal NaCl. Tutorial yang tampak adalah:


Dengan Tutorial tersebut sedikit membantu kita dalam pembuatan struktur NaCl.
Untuk membuat cell maka kita harus klik cell-create-. Maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. Isi sesuai dengan tutorial   



Sedangkan untuk tampilan “atom-create” muncul tampilan seperti dibawah ini. Untuk mengisi data-data tersebut. Anda harus klik table:



Setelah saat Anda Klik Table maka muncul tampilan seperti di bawah ini. Pilih atom Na





 Tampilan yang akan muncul adalah seperti di bawah ini


Terima kasih dan 
selamat mencoba :)

10

KESETIMBANGAN KIMIA